La trama de la serie se puede dividir en cinco etapas. La primera es la Saga de Devimon, que esta compuesta por los primeros 13 episodios. La segunda, la Saga de Etemon, siendo segunda consta, con solo 7 episodios. La tercera es la Saga de Myotismon, esta etapa fue la mas larga, cuenta con 19 episodios. La penúltima etapa es la Saga de los Darkmasters, esta compuesta por 13 episodios. La ultima etapa es la "Saga de Apocalymon" la cual consta de los dos últimos episodios de la serie.

Como la primera temporada, ninguna